El estudiante de secundaria Yuu y su amigo Haru se involucran en un caso que involucra a su amigo de la infancia Kotona, lo que los obliga a ir y venir entre otro mundo que es diferente pero algo similar a su mundo, Ni no Kuni. El mundo real y Ni no Kuni, cuando la vida de Kotona está en peligro, ¿cuál es la elección final que los tres tienen que hacer en Ni no Kuni?